華東師范大學生命科學學院研究員李大力團隊,開發了一種全新的高活性迷你基因編輯工具,可在小鼠體內實現高效編輯,豐富了基因編輯工具的應用場景,為將來用于體內基因治療提供了高效的候選技術。相關研究發表于《分子細胞》,并被選為封面文章。
以CRISPR/Cas9為代表的基因編輯技術,為基礎生物學和疾病治療帶來了重大變革。2021年,張鋒團隊發現了由IS200/IS605轉座子超家族編碼的IscB核酸酶。IscB被認為是Cas9可能的進化祖先,具有與Cas9相似的結構域,且同樣需要利用一段非編碼RNA(ωRNA)引導蛋白識別DNA,而其氨基酸長度僅為SpCas9的三分之一左右。然而,IscB在哺乳動物細胞中的活性非常有限,能否通過工程化的改造提高IscB的基因編輯活性,達到與Cas9相當的活性,是當前需要解決的首要問題。
研究團隊基于結構理性設計,在IscB蛋白關鍵位置引物氨基酸突變,經過三輪迭代篩選,獲得了增強型IscB(命名為eIscB),eIscB的平均編輯效率較野生型平均可提高7.5倍。為提高IscB與目標DNA的親和力,研究人員將eIscB與一個非序列特異性雙鏈DNA結合蛋白融合,得到了高活性IscB(命名為eIscB-D),eIscB-D的最高編輯效率可達91.3%。
進一步地,研究人員對ωRNA的不同莖環結構進行改造,獲得了高活性的ωRNA(命名為eωRNA),其長度較野生型縮短了20%,大幅降低了工業合成的難度。最終優化獲得的eIscB-D/eωRNA編輯效率平均可提升20.2倍。
研究團隊專門制備了小鼠白化疾病模型,并首次證明eIscB-D不僅可以在鼠源細胞系中產生高效編輯,還可以通過胚胎注射高效制備疾病動物模型。此外,研究人員開發了超高活性的微型單堿基編輯器eiABE和eiCBE,最高位編輯效率分別可達到73.6%和79.2%。
《分子細胞》封面。圖片由研究團隊提供
研究團隊介紹,封面設計圖以中國風為主基調,長街上的兩列燈籠代表DNA雙鏈,身形小巧玲瓏的小朋友指代eIscB-D,多發卡結構的樓梯則是ωRNA。小朋友踩著樓梯,一手摘下舊燈籠,另一只手掛上新燈籠,這一精準而迅速的替換動作象征著eIscB-D高效、小巧、準確的特點。